Γερμανική Κατοχή
Β΄ Παγκόσμιος Πόλεμος
Κατά την διάρκεια του Β΄ Παγκόσμιου Πολέμου, στις 25 Απριλίου το 1941, οι Γερμανοί κατέλαβαν την Λήμνο. Η Μύρινα και το κάστρο καταλήφθηκαν στις 11π.μ. Ο Γερμανός πολεμικός ανταποκριτής που τους συνόδευε (Ernst Lothar Reich), στην ανταπόκριση εκείνης της ημέρας έγραψε ότι η γερμανική πολεμική σημαία ήδη κυμάτιζε στο φρούριο.
Στο διάστημα της γερμανικής κατοχής πραγματοποιήθηκαν από τους Γερμανούς κατακτητές διάφορες κατασκευαστικές εργασίες οχυρωματικού χαρακτήρα, όπως μια σήραγγα και στοές για την αποθήκευση των πυρομαχικών, πολυβολεία, πυροβολεία, φυλάκια και μικρότερα κτίσματα πιθανόν για ποικίλες χρήσεις, όπως αποθήκες για τρόφιμα και χώρους εστίασης. Για την κατασκευή τους οι Γερμανοί είχαν υποχρεώσει τους κατοίκους σε αναγκαστική εργασία. Στην περιοχή του φάρου διάνοιξαν μέσα στο βράχο, στο δυτικό τμήμα του λόφου της ακρόπολης και στον άξονα ΒΑ-ΝΔ, σήραγγα μήκους 60μ. περίπου χρησιμοποιώντας φουρνέλα. Με βαγονέτο που κινούταν πάνω σε ράγες μετέφεραν τα μπάζα από το εσωτερικό προς τα έξω και στην συνέχεια οι εργάτες τα πετούσαν από το δυτικό τείχος στον γκρεμό πίσω από το φάρο. Στην σήραγγα αυτή είχαν αποθηκεύσει οβίδες κανονιών. Περιμετρικά του κάστρου είχαν τοποθετήσει πυροβόλα όπλα και στον ψηλότερο πύργο την σημαία τους.
Τον Ιούλιο του 1943 το βρετανικό υποβρύχιο Taurus αφού βομβάρδισε το λιμάνι της Μύρινας αποχώρισε βομβαρδίζοντας το κάστρο, όπου κυμάτιζε η γερμανική σημαία, με 3 γύρους βολών, οι οποίες, όπως αναφέρει ο κυβερνήτης του υποβρυχίου στην αναφορά του, συνοδεύονταν από κοροϊδευτικές χειρονομίες του πληρώματος.
Η Λήξη Της Γερμανικής Κατοχής
Η γερμανική κατοχή έληξε και τα γερμανικά στρατεύματα αποχώρησαν από την Λήμνο στις 16 Οκτωβρίου 1944, αφήνοντας πίσω τους στην βιασύνη τους αρκετές από τις προμήθειές τους. Η σήραγγα, οι στοές, δυο τοίχοι στο ΒΔ τμήμα του κάτω βόρειου πλατώματος, ίχνη από ένα λίθινο κτίσμα με μονόρριχτη στέγη, προφανώς φυλάκιο, στις εσωτερικές παρειές των τειχών στην νότια πλευρά του χώρου της κεντρικής πύλης, κατάλοιπα μικρού κτίσματος σε επαφή με την εσωτερική παρειά του βόρειου τείχους της κεντρικής εισόδου (μέσα στο οποίο βρέθηκαν ανέπαφα βλήματα) καθώς και τα υπερυψωμένα λίθινα επίπεδα, προφανώς για την τοποθέτηση πολυβόλων όπλων, πίσω από τις επάλξεις του πύργου 1 (ΒΑ της κεντρικής πύλης) παραμένουν σταθεροί μάρτυρες του γερμανικού παρελθόντος στο κάστρο.